Kepulauan
Raja Ampat merupakan tempat yang sangat berpotensi untuk dijadikan
sebagai objek wisata, terutama wisata penyelaman. Perairan Kepulauan
Raja Ampat menurut berbagai sumber, merupakan salah satu dari 10
perairan terbaik untuk diving site di seluruh dunia. Bahkan, mungkin
juga diakui sebagai nomor satu untuk kelengkapan flora dan fauna bawah
air pada saat ini.
Ada beberapa kawasan terumbu karang yang masih
sangat baik kondisinya dengan persentase penutupan karang hidup hingga
90%, yaitu di selat Dampier (selat antara P. Waigeo dan P. Batanta),
Kepulauan Kofiau, Kepualauan Misool Timur Selatan dan Kepulauan Wayag.
Tipe dari terumbu karang di Raja Ampat umumnya adalah terumbu karang
tepi dengan kontur landai hingga curam. Tetapi ditemukan juga tipe atol
dan tipe gosong atau taka. Di beberapa tempat seperti di kampung
Saondarek, ketika pasang surut terendah, bisa disaksikan hamparan
terumbu karang tanpa menyelam dan dengan adaptasinya sendiri, karang
tersebut tetap bisa hidup walaupun berada di udara terbuka dan terkena
sinar matahari langsung.